分子生物學平臺

ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的技術。該檢測方法通過設計生物素或鏈霉親和素探針，把目標RNA拉下來以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上，最后通過qRT-PCR、測序、免疫印跡法和質譜分析等確定目的RNA、DNA和蛋白。
檢測特點：
（1）、CHIRP實驗可研究細胞體內互作；
（2）、CHIRP實驗既同時可研究RNA、蛋白質和DNA形成的復合體之間的互作；也可研究它們之間的兩兩互作；
（3）、利用CHIRP-MS實驗尋找與目的lncRNA結合的蛋白，可不受lncRNA長度的限制；
（4）、利用CHIRP實驗可研究circRNA與蛋白質或DNA之間的互作。

檢測步驟：
（1）、CHIRP-RNA：探針設計與合成→細胞交聯→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→RNA回收與純化→NGS或qRT-PCR檢測；
（2）、CHIRP-DNA：探針設計與合成→細胞交聯→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→DNA回收與純化→NGS或qPCR檢測；
（3）、CHIRP-Protein：探針設計與合成→細胞交聯→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→蛋白分離→質譜鑒定。

ChIRP檢測標準分組：
（1）、IP組：目標lncRNA/circRNA Odd組和Even組（即實驗組，用于鑒定lncRNA/circRNA作用基因組位置）
（2）、lacZ組：外參對照組，證明ChIRP探針的特異性；
（3）、Input組：捕獲前分離提取的基因組DNA，作為內參對照組，證明探針特異性；
（4）、Positive組：陽性對照組，通過已知驗證有效的探針，通過WB檢測已知結合蛋白質，證明整個ChIRP實驗體系的有效性；
（5）、目標lncRNA/circRNA qPCR：證明ChIRP探針對目標lncRNA的正確結合及有效捕獲。